W tej części artykułu omówione zostaną metody identyfikacji drobnoustrojów oraz antybiotykooporność i metody jej sprawdzania.
Do tej pory podstawowymi metodami identyfikacji bakterii były testy biochemiczne. Dzięki odpowiednio dobranym podłożom (wybiórcze, wybiórczo-różnicujące), wyglądzie koloni oraz prostym i szybkim testom, identyfikuje się bakterie określonej grupy/rodzaju (np. paciorkowce, pałeczki jelitowe). Na tym etapie możliwe jest wykluczenie zakażenia (a dokładniej obecności w badanym materiale) pewnych gatunków drobnoustrojów.