Kluczowe znaczenie w gojeniu się i czasie oddzielania kikuta pępowinowego ma jego pielęgnacja. Obecnie dezynfekcja preparatami jodowymi lub chlorheksydyną wypiera zaciskanie lub podwiązywanie pępowiny w celu jej szybszego odpadnięcia.
W wyniku nieprawidłowej pielęgnacji może rozwinąć się zapalenie pępka, zwykle z udziałem Gram-dodatnich ziarenkowców. Rzadziej notowane są zakażenia mieszane wywołane bakteriami Gram-dodatnimi i Gram-ujemnymi oraz zakażenia beztlenowcami, w tym Bacteroides fragilis i Clostridium perfringens.